effect size实际上就是利用线性回归构建genetic data和phenotype之间关系的回归系数$\beta$。举个例子，比如不同genotype对height的影响，

如果是logistic regression，则是odd ratio

• $SNP_{a}$出现时，对身高的影响可能是0.0001 cm；而$SNP_{b}$出现时，则对身高的影响是-0.001 cm。这就体现出了不同的variants对身高的影响的效应不同和effect的方向性不同，而上述的数值简单理解就是对应了GWAS回归方程中的回归系数。