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「每日知识储备」gene-environment interaction如何影响heritability估计?

  • 由于gene-environment interaction本身是一种non-linear effects,因此也可以直接从epistasis等类似的non-linear effects类比过来。

    比如geneA对lung cancer有影响,但是在正常生活条件下,其对应的odd ratio为1.0,代表在这种环境下,该geneA对lung cancer的病发没有任何影响。但是当individual有吸烟等情况或者一些没有被测量的情况时,该geneA的odd ratio为5.0,则说明在环境因素的影响下,该geneA对lung cancer的发生有了非常大的影响。

  • 因此,当没有考虑到对应的环境条件时,有的gene effect就不会被检测到,这就造成了heritability的丧失。

  • 参考资料

    • “Ito et al. (1) showed a significant interaction between smoking status and the apurinic/ apyrimidinic endonuclease 1 protein coding gene (APE1) for lung cancer.” (Murcray et al., 2009, p. 219) (pdf)
    • “Stern et al. (2) found smoking status to be an effect modifier of the association between the XPD codon 751 polymorphism and risk of bladder cancer.” (Murcray et al., 2009, p. 219) (pdf)